推荐产品
公司新闻/正文
miRNA 研究工具篇
人阅读 发布时间：2023-11-22 13:43
miRNA 的异常调控与多种疾病的发生和发展有关，包括癌症，心血管疾病等[1]。通过生信学方法预测调控 miRNA 自身的分子机制也早已蔚然成风，如转录因子（IF）-miRNA-mRNA 调控机制和长链非编码 RNA/circRNA-miRNA-mRNA 调控机制。研究者除了筛选差异表达的 microRNA 及鉴定其调控的靶基因，对它们自身的调控转录研究同样不可或缺，工欲善其事，必先利其器，接下来介绍两款软件，相信小伙伴们都能容易掌握。
1、TransmiR v2.0 [2]网址：http://www.cuilab.cn/transmir
1）选择miRNA或者转录因子，点击“Search”，就可以找到相应的数据。本次以“hsa-mir-582”为例搜索数据如下：
可以看到，每个“搜索”结果将返回包括以下九个项目的条目，结果支持下载。
同样，我们需要确定某个miRNA的上游调控转录因子，先通过该检索则可以较快发现我们感兴趣的信息。
其他功能介绍，小伙伴们可以通过网站上的“Help”选项探索吧。
1）输入 lncRNA 名称，Intergenic lncRNA 表示和蛋白编码基因区间没有重叠的 lncRNA,overlapping 表示和蛋白编码基因区间有重叠的 lncRNA；other 代表 tRNA，snoRNA 等类型的 RNA。在预测 miRNA 结合位点时，采用的是 TargetScan v6 定义的 miRNA family,同一个family下的 miRNA 具有相同的结合位点类型。
吉玛基因依靠自身平台优势，持续创新和提供丰富优质的基因研究产品，助力广大科研工作者攻坚克难，向科学技术广度和深度坚定迈进！
1、TransmiR v2.0 [2]
1）选择miRNA或者转录因子，点击“Search”，就可以找到相应的数据。本次以“hsa-mir-582”为例搜索数据如下：
可以看到，每个“搜索”结果将返回包括以下九个项目的条目，结果支持下载。
2）Network（可视化TF-miRNA调控数据）
2、MiRcode[3][4]
网址：http://www.mircode.org/index.php
1）输入 lncRNA 名称，Intergenic lncRNA 表示和蛋白编码基因区间没有重叠的 lncRNA,overlapping 表示和蛋白编码基因区间有重叠的 lncRNA；other 代表 tRNA，snoRNA 等类型的 RNA。在预测 miRNA 结合位点时，采用的是 TargetScan v6 定义的 miRNA family,同一个family下的 miRNA 具有相同的结合位点类型。
2）检索结果中可以看到结合位点在不同物种间的保守性，并划分了不同类别，另外还包括了结合位点在转录本上的分布信息及根据结合位点附近是否有重复元件，提供了 repeat 相关的注释。
吉玛基因依靠自身平台优势，持续创新和提供丰富优质的基因研究产品，助力广大科研工作者攻坚克难，向科学技术广度和深度坚定迈进！
【1】Xue J , Zhu S , Qi F , et al. RUNX1/miR-582-5p Pathway Regulates the Tumor Progressin in Clear Cell Renal Cell Carcinoma by Targeting COL5A1[J]. Frontiers in Oncology, 2021, 11.
【2】Tong Z, Cui Q, Wang J, Zhou Y. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D253-D258
【3】Ashwini Jeggarisup/Sup D S M L . miRcode: a map of putative microRNA target sites in the long non-coding transcriptome[J]. Bioinformatics, 2012, 28(15):2062-2063.
【4】Su L , Zhang J , Zhang X , et al. Identification of cell cycle as the critical pathway modulated by exosome-derived microRNAs in gallbladder carcinoma[J]. Medical oncology (Northwood, London, England), 38(12):141.
询价列表
暂时没有已询价产品
快捷询价 发送名片
当你希望让更多商家联系你时，可以勾选后发送询价，平台会将你的询价消息推荐给更多商家。